Haute-Isle est un rare village troglodytique, dont les premières habitations remontent à la période préhistorique. Au Moyen Âge, les habitations troglodytiques implantées à flanc de coteau se multiplient. C’est alors le développement du cœur ancien du village de Haute-Isle essentiellement constitué d’un habitat troglodytique,les « boves », s’étirant en amphithéâtre au-dessus de la Seine. L’habitat troglodytique s’implante également en contre-haut du hameau de Chantemesle, où un prieuré de l’abbaye de Saint-Denis s’était établi dont il reste certaines traces et des noms de lieux-dits.

Le village est rattaché à la paroisse de Chérence jusqu’en 1670, date à laquelle son seigneur, Nicolas Dongois, greffier en chef du Parlement de Paris et neveu de Boileau par sa mère, demande son érection en paroisse. L’église est alors creusée dans le roc. Sur le plan administratif, Haute-Isle, petite seigneurie, dépendait alors du duché de La Roche-Guyon, bourgade voisine ayant notamment obtenu le droit de tenir un marché. La seigneurie de Haute-Isle avait été cédée par les seigneurs de La Roche-Guyon au sieur Dongois, son titulaire, en juillet 1672 puis fut rachetée en mai 1749 par le duc Alexandre de La Rochefoucauld qui continua sa restructuration par le remembrement des terres, l’adduction d’eau et la création de nouveaux colombiers.

Le village vit de la viticulture jusqu’au début du xxe siècle. L’habitat est essentiellement formé des boves qui sont alors abandonnées (seules quelques habitations troglodytiques sont encore en usage).